臺灣光復後，民國三十五年戶政業務改由民政單位主管，在鹿港鎮公所內設有戶籍課，掌理戶籍登記業務，動態人口則由警察機關負責，此為本所的前身。

　　民國六十二年三月，戶警合一，戶政業務改由警察機關管轄，戶籍課由鎮公所內分出，正式成立鹿港鎮戶政事務所，戶政事務所主任由鹿港分局副分局長兼任。

　　民國八十一年七月戶籍法修正，戶警回歸分立，戶籍行政機關改為縣市政府，依「臺灣省縣﹙市﹚戶政事務所組織規程」之規定，戶政事務所置主任一人，承縣長之命並兼受民政局指導，綜理所務，指揮、監督所屬員工。