臺灣光復後,民國三十五年戶政業務改由民政單位主管,在鹿港鎮公所內設有戶籍課,掌理戶籍登記業務,動態人口則由警察機關負責,此為本所的前身。 民國六十二年三月,戶警合一,戶政業務改由警察機關管轄,戶籍課由鎮公所內分出,正式成立鹿港鎮戶政事務所,戶政事務所主任由鹿港分局副分局長兼任。 民國八十一年七月戶籍法修正,戶警回歸分立,戶籍行政機關改為縣市政府,依「臺灣省縣﹙市﹚戶政事務所組織規程」之規定,戶政事務所置主任一人,承縣長之命並兼受民政局指導,綜理所務,指揮、監督所屬員工。